Вес будет учитываться для старых урлов. Так как в поисковике у вас сейчас будет много дублей, то постепенно старые страницы будут исключаться, а возможно новые урлы не будут появляться в индексе.
Вобщем лучше настроить 301 редирект со старых урлов. Так и вес страниц передастся и дублей не будет в индексе.