Я не спец, но моё мнение такое, тег nofollow лучше не юзать(работы не переходят а вес передается), скрытавь блоки ссылок лучше технологией seohide(например метки, категории, популярные категории).
Популярные статьи я б оставил на сайте, а популярные категории убрал нафиг или скрыл бы через seohide.
Модули в вордпресс не совсем на джава, больше php и они отлично индексируются.