Нет.
Было время когда Яндекс негативно воспринимал поп-андер и кликандер код. Но если у Вас стоит чистый баннер с ссылкой, то нет. Максимум прибавилась одна лишняя внешняя ссылка!
ECShop - тут точно должно быть!
Но я себе ставил магазин Open cart и туда просто есть вариант модуля, где пользователи могут добавить свой товар, но продажа все-равно через утверждения админа проходит